Pada tahun 1356 H/1938 M, Nahdlatul Ulama yang didirikan pada tahun 1926 M, sesuai dengan tujuan pembentukan salah satunya berikhtiar memperbanyak madarsah-madrasah yaitu Madrasah Awaliyah 2 tahun, Madrasah Ibtidaiyah 3 tahun, Madrasah Tsanawiyah 3 tahun, Madrasah Mualimin Wustho 2 tahun dan Madrasah Mualimin ‘Ulya 3 tahun. Madarasah-madrasah ini didirikan di tingkat cabang sampai ranting Nahdlatul Ulama, termasuk Wonosobo yang memiliki kurang lebih 75 Madrasah Ibtidaiyah, dan belasan Madrasah Tsanawiyah.
Satu diantaranya Madrasah Mualimin NU yang berdiri pada tanggal 13 Januari 1962, yang menempati sebuah gedung semi permanen yang terletak di kampung kauman, kini gedung tersebut telah menjadi kantor NU Cabang Wonosobo.
Madrasah ini hanya bertahan selama 6 tahun, sekalipun demikian telah menghasilkan alumni yang sampai saat ini sebagian besar menjadi tokoh-tokoh di Wonosobo, karena pada tahun 1968 melalui proses pembicaraan yang panjang antara pihak pengelola dalam hal ini adalah Lembaga Pendidikan Ma’arif, dan tokoh-tokoh Nahdlatul Ulama dengan Kantor Dinas pendidikan Agama Kabupaten Wonosobo sebagai lembaga yang bertanggung jawab terhadap pengaturan pendidikan Islam.
Berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 158 Tahun 1968 tanggal 26 Juli 1968, Madrasah Mualimin Ma’arif NU Kabupaten Wonosobo berubah status menjadi Pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN) 4 tahun. Adapun kepala PGAN dijabat oleh Moch. Hasyim Djunaedi, BA. Gedung tempat belajar masih menempati gedung Mualimin NU di Jalan Kauman Nomor 35 Wonosobo juga dengan menyewa gedung milik Yayasan Masjid Al-Mansur Wonosobo.
Dua tahun kemudian tepatnya pada tanggal 10 September 1970, PGAN 4 tahun di Wonosobo berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 204 Tahun 1970 berubah statusnya menjadi PGAN 6 tahun dan dikepalai oleh Moch. Hasyim Djunaedi, BA. Dalam usia yang relatif pendek yakni sekitar 1 windu telah berhasil mencetak lulusan yang jumlahnya (70%) dapat memenuhi kebutuhan guru Agama SD/MI di Kabupaten Wonosobo.
Berdasarkan kebijakan restrukturisasi pendidikan yang dikelola oleh Departemen Agama RI, pada tahun 1978 dan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 17 tahun 1978 PGAN 6 tahun Wonosobo terbagi menjadi dua jenjang dan jenis pendidikan yaitu:
- Madrasah Aliyah Negeri 1 Wonosobo (bersama dengan 167 MAN di Indonesia)
- Madrasah Tsanawiyah Negeri Wonosobo (bersama dengan 430 MTsN di Indonesia)
Sampai saat ini PGAN 6 tahun Wonosobo telah menjadi Madrasah Aliyah Negeri Wonsobo yang terletak di Jalan Raya Mendala, km 03 Wonosobo.
MAN 1 Wonosobo telah meluluskan ribuan alumni yang mampu berkiprah serta mengabdi pada bangsa dan Negara baik sebagai bupati, DPR dan pejabat negara lainnya.
Dengan fasilitas yang memadai didukung staf pengajar Sarjana baik S1 dan S2 MAN 1 Wonosobo siap berkompetisi mewujudkan Visi dan misi yaitu “TERWUJUDNYA LULUSAN YANG BERAKHLAK MULIA, BERBUDAYA ISLAMI, BERPRESTASI UNGGUL, DAN BERWAWASAN LINGKUNGAN”.